6X16 - Alpha
В роли криптозоолога в эпизоде появится Эндрю Робинсон - Гарак из известной космической эпопеи Star Trek. Малдер и Скалли знакомятся с мистическим существом из древней легенды - волком-оборотнем, в котором проявляются все темные стороны человеческой души.

6X17 - Trevor
Малдер и Скалли едут в маленький тихий городок на берегу Миссисипи, где мужчину промчавшийся торнадо наделил способностью проходить сквозь стены.

6X18 - Milagro
Milagro - "чудо" в переводе с испанского

6X19
Судя по тому, что в сезоне вновь появляется нанотехнология, помимо продолжения Unusual Suspects, эпизод может продолжить историю S.R. 819. На этот раз нанотехнология используется для излечения рака - наночастицы должны стимулировать клетки, способные избавить организм от болезни. Но как обычно, благородной целью прикрываются совсем другие эксперименты. Одинокие Стрелки узнают о них от Сюзенн Модески, снова появившейся на их пути. Сюзенн оставили в живых в обмен на обещание снова работать на правительство. По предварительной информации, в эпизоде довольно много действующих лиц, но практически нет Малдера (как и в Christmas Carol он появится секунд на пять для телефонного разговора) - Духовны попросил несколько дней передышки, чтобы подготовиться к съемкам следующего эпизода. А Скалли предстоит очередное вскрытие. Действие эпизода происходит в Лас-Вегасе. Часть событий происходит в казино. Именно в казино Лэнгли и будет стрелять в Сюзенн Модески. По слухам, в казино, где Лэнгли будет стрелять в Сюзенн, придут трое пришельцев под видом землян, и Одинокие Стрелки попытаются вывести их на чистую воду.

6X20 Shades of Gray
Малдера в эпизоде не будет по той простой причине, что писать сценарий, режиссировать и одновременно еще сниматься Духовны еще не умеет. В одном из интервью актер признался, что хотел бы попросить кого-то из опытных режиссеров снять эпизод по его сценарию, но желание сделать что-то совсем свое пересилило. Духовны решился на эксперимент. Он боялся, что у него не хватит времени режиссировать весь эпизод и заниматься Малдером одновременно, но похоже, что в эпизоде Малдер все же даст Скалли урок игры в бейсбол.

6X21 Lies - 6x22 Plans
Финал 6 сезона будет состоять из двух эпизодов. Первый из них, скорее всего, будет назван "Lies". Эти эпизоды станут началом Колонизации. Два ключевых персонажа, агент Спендер и один из Старейшин, будут убиты. Появится новая раса инпланетян. Скалли наконец "поверит" во все, во что верил и верит Малдер. Станет понятно, что случилось с сестрой Малдера, Самантой.