Агенты отправляются в Пеннсильванию расследовать таинственную смерть Реверенда Финли - стигмата, чьи ладони внезапно начали кровоточить под благоговейными взглядами его восхищенных прихожан. Малдер вспоминает убийства по религиозным мотивам, происходившие в разных странах - жертвами становились такие же мошенники как и Реверенд Финли. Скалли замечает следы шнура на шее у Финли, что свидетельствует об удушении. Тем временем, в Ловленде, штат Огайо, у ученика пятого класса Кевина Крайдера на глазах у его учительницы, мисс Тайнес, и перепуганных одноклассников, начинают кровоточить ладони. Карина Майвалд, работник социальных служб, говорит, что отец Кевина, Майкл, был помещен в психиатрическую клинику после того, как объявил, что его мальчик - сын Господа. Малдер развивает теорию о том, что Кевин мог нанести раны сам себе в качестве протеста против принудительного заключения его отца. Теперь Малдер опасается, что мальчик может стать мишенью охотника за cтигматами. В психиатрической клинике Майкл Крайдер открыто заявляет, что Силы Тьмы пытаются уничтожить его сына, а смерть ребенка откроет врата Армагеддону. Но он верит, что Бог избрал человека, который защитит Кевина и предотвратит катастрофу. Как ни странно, Скалли относится к истории с большей верой, чем Малдер. Кевина похищает из спальни приюта лысый, пугающего вида человек. Мисс Крайдер опознает его по портрету, составленному по рассказам детей, которые тоже были в спальне. Похитителем является Оуэн Ярвис, садовник. Агенты врываются в дом Ярвиса и берут его под арест. Но Кевин убегает. Оуэн уверяет, что Бог приказал ему защищать мальчика. Огромная физическая сила Оуэна позволяет ему сломать наручники, и Оуэн бежит в дом Крайдера. Там он находит Тысячелетнего Мужчину (того самого, который убил Реверенда Финли), уже готового убить Кевина. Начинается драка, и Тысячелетний Мужчина убивает Оуэна. В этот момент в дом приезжают агенты и спасают Кевина. Тысячелетний Мужчина успевает скрыться. Агенты выясняют, что отпечатки пальцев, выжженные на шее Оуэна, принадлежат Саймону Гейтсу (Тысячелетнему Мужчине), владельцу завода по переработке материалов. Судя по записям, Гейтс посещал Израиль. Малдер отмечает, что Гейтс может страдать синдромом Иерусалима - в этом состоянии люди, побывавшие в Израиле, начинали страдать галлюцинациями на религиозной почве. Сюзен Крайдер и ее сын из-за поломки вынуждены остановить машину на обочине пустынной дороги. Гейтс находит их и преследует Кевина. Сюзан забирается в машину Гейтса и пытается догнать его, но она не справляется с управлением и погибает в аварии. Агенты привозят Кевина в ближайший мотель и берут его под охрану. Пока Кевин моется в ванной, Скалли говорит напарнику, что неверие Малдера, всегда известного своей непредубежденностью по отношению к паранормальным явлениям, в религиозные чудеса не может не вызывать недоумение. Громкий шум из ванной прерывает разговор. Когда агенты вбегают в ванную, оказывается, что Кевина похитили через окно. На мусорном ведре Скалли замечает круглый логотип рециклинга (переработки). Поверив, что она и есть тот самый человек, которого Бог избрал защищать Кевина, Скалли едет на перерабатывающий завод Гейтса. Малдер, однако, уверен, что Гейтс попытается как можно быстрее выбраться из города и направляется в аэропорт. Догадка Скалли оказывается верна; Гейтс бросается на лопасти гигантского измельчителя, увлекая за собой Кевина. Но мальчик успевает ухватиться за площадку безопасности. Скалли вытаскивает мальчика. Раны на его ладонях таинственным образом исцеляются.