Перед тем, как придти в ФБР Скиннер воевал во Вьетнаме. Он служил в морской пехоте , потому что думал, что "это правильно"("I did it out of blind faith. I did it because I believed that it was the right thing to do."). Потом он признается Малдеру, что потерял свою веру, когда десятилетний парень, весь обвешанный гранатами забежал к ним в лагерь. Скиннер разможжил ему череп. Как-то раз их отряд попал в засаду. В живых остался только он. За это ему присудили награду "Пурпурное Сердце". Также во Вьетнаме он попробовал наркотики.

Уолтер Скиннер является непосредственный начальником Малдера и Скалли. Он предостерегал их, что их необычные методы расследования погут иметь ужасные последствия, и вскоре поприказу "высочайших уровней правительства" закрывает "Икс-Файлы". Но после похищения Скалли он вновь открывает их - потому что "это то, чего они боятся больше всего", говорит он Малдеру, не разъясняя, кто именно "они" . Много раз выручал своих агентов, вступая в открытую конфронтацию с Курильщиком и прочими, навлекая опасность на себя: его опасно ранит наемый убийца, а как-то раз его пытаются устранить, обвинив в убийстве проститутки. Он заключает сделку с Курильщиком, и в обмен на лечение Скалли от рака выполняет грязную работу - уничтожает все улики убийства. В общем, для своих агентов - что отец родной, и тем не менее они часто приписывают ему различные дурные замыслы: иногда его незаслуженно обвиняют в предательстве.