По-прежнему неизвестно, останется ли в новом сезоне привычное всем начало The truth is out there, или Крис Картер решится заменить его на новое - The Truth Must Be Told.
Кажется Картер действительно не решится снимать новый полнометражный фильм следующим летом. Съемки начнутся только после окончания седьмого сезона. По словам Картера, летние съемки полнометражного фильма вызвали массу проблем с началом пятого сезона, и, памятую об этом горьком опыте, он предпочтет пожертвовать фильмом, чем испортить целый сезон.
Для любителей Одиноких Стрелков - неразлучная троица будет появляться в третьем эпизоде (последнее название - Triangle), в пятом - Dreamland 2, и далее начиная с девятого эпизода.
С шестого сезона у Секретных Материалов может появиться новая музыкальная тема. Вообще, по слухам, Картеру надоело традиционное начало серий, и он собирается полностью заменить привычные кадры вступления.

The Beginning -- 6x01
Консорциум теряет контроль за колонизацией, запертый в подземном бункере пришелец вырывается на свободу, и стравиться с ситуацией может только Курильщик, который очень рассчитывает на помощь Спендера. В отличие от Скалли, агент всерьез намерен дискредитировать работы Малдера. Малдер, пытаясь “возродить Секретные Материалы из пепла”, похищает у Спендера файл с подробностями дела, и вместе со Скалли начинает расследование, надеясь одновременно найти новые доказательства того, что произошло с ними в Арктике.

Triangle (старое название - Ghost Ship) -- 6x03
Пока Малдер пытается выбраться с фашистского корабля в 1939 году, в нашем времени его разыскивают Скалли и Одинокие Стрелки.

Rain King -- 6x07
Название Rain King повторяет название одной из песен Counting Crows. В эпизоде будет сниматься певица и актриса Victoria Jackson.