Полицейская машина мчится по пустынной дороге в районе города Беллфлер, штат Орегон. На месте водителя сидит детектив Майлс (последний раз появлявшийся в пилотной серии), который тщетно пытается связаться по рации со своим заместителем, Реем Хеузе. Майлс спешит на помощь Рею в лес, к месту приземления космического корабля. Внезапно цифры на дисплее часов в машине начинают обратный отсчет. Машина теряет мощность и влетает в другую полицейскую машину, остановившуюся на дороге. Ошарашенный и раненный детектив Майлс выбирается с водительского сиденья. Стрелки на его часах продолжают вращаться в обратную сторону. Майлс подходит к машине Рея и видит, что его заместитель в бессознательном состоянии склонился над рулем. Глаза Рея распухли и закрыты, веки болезненно блестят. Майлс опускает взгляд и замечает, что наступил в пузырящуюся зеленую жидкость. Подняв голову, он обнаруживает рядом с собой второго Рея. Только у этого человека глаза не воспалены, а из трех пулевых отверстий в груди вытекает та самая зеленая жидкость. Майлс в ужасе отшатывается. В Вашингтоне Малдер сидит перед горой счетов. Агент Чести Шорт, заместитель главного аудитора ФБР, ужасается суммам, которые тратятся на проект Секретные Материалы. Чести хочет знать, на что уходят деньги теперь, когда судьба Саманты уже известна, а заговора больше не существует. Вернувшись в свой офис, Малдер снимает трубку зазвонившего телефона и узнает в звонившем Билли Майлса (из пилотной серии), который говорит, что в их городе снова начались похищения. Его самого пока не трогали. Два подростка забираются в лес в поисках упавшего НЛО. Один из мальчиков ступает в невидимое силовое поле, его поднимает над землей и начинает трясти. Его приятель теряет друга из вида, роняет внезапно ставший раскаленным фонарик и, перепуганный, убегает из леса. Марита Коваррубиас освобождает Крайчека из Тунисской тюрьмы по приказу Курильщика. Крайчек и Марита находят Курильщика умирающим, в инвалидном кресле, под надзором сиделки. Крайчек яростно обвиняет Курильщика в том, что именно по приказу Курильщика Крайчека посадили в тюрьму в Тунисе. Курильщик невозмутимо сообщает, что недавно в небе штата Орегон военный самолет столкнулся с кораблем пришельцев. Марита и Крайчек должны помочь найти корабль. "Это наш шанс восстановить проект"-шепчет Курильщик слабым голосом через шунт в шее. Невзирая на предупреждения аудитора, Малдер и Скалли решают добавить к стопке счетов еще несколько бумажек и отправляются в штат Орегон на встречу с Билли Майлсом, ставшим теперь заместителем шерифа. До сих пор неизвестно, где именно упал космический корабль и куда делся заместитель детектива Майлса Рей Хеузе. Детектив Майлс уверяет, что никакого космического корабля в лесу быть не может. Агенты вместе с отцом и сыном следуют к месту, где была найдена машина Рея. Малдер видит крест, нарисованный краской на дороге - это то самое место, которое он отметил на дороге семь лет назад, где время и электричество начинают вести себя странно. Скалли видит на земле гильзы от пистолета Рея, но не может понять, в кого стрелял заместитель детектива. Агенты уезжают, а детектив Майлс укладывает сумку с уликами в багажник своей машины - рядом с телом Рея Хеузе. Малдер и Скалли отправляются к жене Рея, Терезе, и к своему удивлению узнают в ней ту самую жертву похищения пришельцев, которая просила их о помощи семь лет назад. Тереза уверяет, что инопланетяне неоднократно забирали ее мужа и проводили над ним эксперименты. Во время разговора Скалли держит на руках ребенка Терезы, а Малдер наблюдает за напарницей. Вид Скалли с младенцем не оставляет его равнодушным. Вечером в отеле Скалли приходит в комнату Малдера. Она бледна, лоб покрыт испариной, ее бьет дрожь. Малдер укладывает Скалли в свою постель и ложится рядом, обнимая ее и согревая. "Оно того не стоит, Скалли," - говорит он. Малдер думает, что если в качестве платы за Секретные Материалы Скалли пожертвовала своим здоровьем и возможностью стать матерью, цена слишком высока. Он хочет положить этому конец. Рядом с мотелем в припаркованной машине за рулем сидит Крайчек. Он звонит Курильщику, чтобы сообщить, что никто не может найти космический корабль, а в Беллфлер на поиски заместителя детектива прибыли Малдер и Скалли. Курильщик уверяет, что корабль находится в лесу. Он требует найти пропавшего Рея, тогда будет найден и корабль. Курильщик бросает трубку. Марита спрашивает его, почему он так торопит Крайчека. "Потому что корабль находится в лесу, и он восстанавливается, " - отвечает Курильщик. Курильщик верит, что Крайчек может найти корабль, но не уверен в дальнейших планах Алекса. На другом конце города Тереза Хеузе просыпается, услышав, что муж вернулся домой. Она пытается заговорить с ним, но не получив ответа, понимает, что перед ней не Рей. Тереза угрожает пришельцу ножницами, но они оказываются слабой защитой. Из ран в груди пришельца пузырится зеленая жидкость, глаза Терезы начинают распухать от едких испарений, она спотыкается и пришелец хватает ее. Следующим утром Билли сообщает Малдеру и Скалли, что Тереза пропала. Агенты видят на полу дома знакомую зеленую жидкость, а когда Скалли наклоняется над потеками, она едва не теряет сознание. Рядом с домом Малдер и Билли замечают Ричи, наблюдающего за местом преступления. Ричи признает, что был с приятелем в лесу, и "они" забрали его друга, а детектив Майлс знает о происходящих событиях, потому что тоже был в лесу. Ричи ведет агентов к месту исчезновения приятеля. Скалли делает шаг в энергетическое поле, ее поднимает над землей и трясет. Заметив, что Скалли пропала, Малдер начинает искать ее. Скалли лежит на земле, словно ей снова стало плохо. Малдер обнимает Скалли, пока она пытается выяснить у него, что случилось. Малдер приходит к выводу, что на этот раз никого из похищенных уже не вернут. Полный подозрений Билли позвращается домой и наставляет пистолет на мужчину, который так похож на его отца. "Я не знаю, кто ты, но ты меня не возьмешь," - объявляет он. Детектив Майлс уговаривает сына успокоиться, а когда Билли расслабляется, детектив превращается в Охотника. Малдер и Скалли врываются в дом Майлсов, чтобы предупредить Билли, но в доме уже никого нет. Два дня спустя Малдер сидит в своем офисе, когда Скиннер приводит к нему Крайчека и Мариту. Пережив первый шок, Малдер набрасывается на старого врага. Скиннер успокаивает его и говорит, что Курильщик умирает и перед смертью просит Крайчека и Мариту воскресить проект и Консорциум. Пока Охотник уничтожает доказательства проведения опытов на похищенных, космический корабль, окутанный энергетическим полем, восстанавливается в лесу. Малдер приводит Одиноких Стрелков в офис Скиннера на консультацию. Несмотря на то, что военным не удалось найти корабль, Стрелки, проанализировав записи, точно указывают, где он находится. Не в силах больше выслушивать Мариту и Крайчека, Скалли выходит в холл. Вслед за ней комнату покидает и Малдер. Поскольку пришельцы забирают тех, кто когда-то был похищен, Малдер не позволит Скалли снова лететь в Орегон. "Я не рискну опять потерять тебя, Скалли," - говорит он. Скалли обнимает напарника и говорит, что один он не поедет. Скалли остается в Вашингтоне вместе со Стрелками изучать отчеты о похищенных. В каждом деле упоминается необычная мозговая деятельность, схожая с той, которую пережил Малдер в начале года. Скалли приходит к выводу, что именно Малдера, а не ее, на этот раз могут забрать пришельцы. Скалли снова теряет сознание, Стрелки пытаются помочь ей. Малдер и Скиннер входят в лес. Они следят за следом лезарных лучей, которыми Малдер и Скиннер просвечивают пространство. Краем глаза Малдер замечает странное поведение луча. Красные линии прерываются в пустоте, словно ударяясь в энергетический купол. Малдер тянется рукой, чтобы коснуться поля, и его начинает трясти. Когда Скиннер отвлекается от своего лазерного устройства, Малдера рядом нет. Внутри поля Малдера освещает яркий луч света. Выражение лица агента полно благоговения. Другие похищенные подходят поприветствовать его улыбками. Над людьми возвышается космический корабль, а в круг похищенных входит Охотник. Свет становится интенсивнее, благоговение на лице Малдера сменяется страхом. Находясь вне энергетического поля, Скиннер не видит того, что происходит внутри. Он зовет пропавшего Малдера. Внезапно прямо перед собой Скиннер видит космический корабль, которые поднимается все выше в ночное небо. Скиннер остается один в темноте. Крайчек признается Курильщику, что провалил задание, но Курильщик высказывает предположение, что миссия и не должна была закончиться удачно. Под взглядом Мариты Крайчек сталкивает инвалидное кресло Курильщика вниз по ступенькам. Судя по тому, что тело Курильщика неподвижно лежит на земле, похоже, что он мертв. Следующим утром, в больнице, в палате Скалли, Скиннер чувствует себя неловко. Скалли стало лучше, но она ждет результатов новых тестов. Скиннер пытается держаться невозмутимо, признаваясь Скалли, что потерял Малдера. Скалли берет его руку и говорит, что уже знает новости. "То, что я видел, я не могу отрицать. И не стал бы," - говорит Скиннер. Оба плачут, и Скалли заявляет, что должна найти напарника. "Есть еще кое-что",- признается она Сканнеру. Хотя она не может это объяснить и ей трудно в это поверить, но Скалли беременна. Продолжение следует...