В глубине холодных вод моря Бофорта в районе северного полярного круга экипаж подводной лодки получает на радаре изображение огромного неопознанного объекта, проплывающего совсем рядом с ними. Капитан субмарины получает приказ уничтожить судно без дальнейшего изучения. Но перед запуском торпед мощный удар выводит из строя реакторы корабля. Тем временем, Скалли весьма озадачена тем, что слышит голос Малдера в телефонной трубке, и в то же самое время человек, являющийся Малдером (инопланетный охотник из предыдущего эпизода) находится в ее номере мотеля. Двойник подавляет попытку Скалли справиться с ним, и требует ответить, где он может найти Малдера. Когда Скалли отказывается сотрудничать, двойник швыряет ее через комнату. Настоящий Малдер и его сестра, Саманта, прибывают в мотель слишком поздно. Скалли исчезла, но признаки борьбы в номере очевидны. Саманта рассказывает Малдеру, что инопланетный охотник интересуется ею, не Скалли. Саманта объясняет, что ей известен единственный способ убить инопланетного охотника - проткнуть его шею в основании черепа. Однако она предупреждает, что его кровь токсична и смертельна для людей. Саманта уверяет брата, что инопланетный охотник сам выйдет с ними на связь. Пока они ожидают звонка, Саманта рассказывает, что пришельцы пытались основать колонию на Земле с конца 40-х годов. Но их эксперименты по клонированию не были санкционированы, и их соплеменники усмотрели в них опасность растворения их расы. Инопланетный охотник был направлен уничтожить колонию. Скалли, находящаяся под дулом пистолета, звонит Малдеру и назначает встречу на мосту. Малдер сообщает Скиннеру о создавшейся ситуации, и снайперы ФБР располагаются неподалеку от назначенного места, готовясь к операции. Обмен совершен, и инопланетный охотник ведет Саманту в сторону ожидающего его фургона. Внезапно раздается выстрел снайпера. Инопланетный охотник ранен в шею. Он падает с моста, все еще держа Саманту. Оба исчезают в темных, ледяных водах реки. Малдер передает весть о смерти сестры своему отцу. Мистер Малдер отдает сыну конверт, который Саманта оставила для него в то время как гостила в их доме. Малдер вскрывает конверт и находит в нем ключ и адрес. Малдер отправляется по указанному адресу, который оказывается адресом клиники абортов. Войдя внутрь, Малдер с ужасом обнаруживает клонов инопланетян, которые выглядят в точности как его сестра. Внезапно появляется инопланетный охотник и оглушает Малдера. Пламя охватывает здание, но Малдер спасен пожарными. Икс рассказывает Малдеру, что все клоны, пытаясь спасти первоначальную "Саманту", погибли в огне. Он также сообщает, что инопланетный охотник сейчас на судне в море Бофорта. Тем временем патологи рассказывают Скалли, что развитие странного ретровируса, обнаруженного в теле агента Вайса, затормаживается в условиях низкой температуры. Это приводит Скалли к выводу, что инопланетный охотник смог выжить после падения в ледяную реку. Никому ничего не сказав, Малдер сам отправляется на Аляску. Он находит выступающую изо льда башню подводной лодки. Там он снова встречается с инопланетным охотником. Малдер ранит его, и из раны инопланетного охотника сочится зеленая жидкость, которая попадает на Малдера. Он выброшен наружу, и вскоре судно опускается под лед. Тело Малдера перевозят к военно-полевому госпиталю, и Скалли прибывает на место происшествия. Она понимает, что Малдер заражен инопланетным ретровирусом и убеждает врачей снизить температуру тела Малдера, чтобы нейтрализовать вирус. Ее усилия венчаются успехом, и жизнь Малдера спасена.